Mavericksにupdateしたらhomebrewがおかしくなった時のメモ

Rを使おうとしたんですが、Mavericksにしたら色々消えたり使えなくなったりしていました。


brew install r


で盛大につまづいたので簡単にメモです。

エラーメッセージは以下の様な具合。


-> % brew install r

==> Using Homebrew-provided fortran compiler.

This may be changed by setting the FC environment variable.

==> Downloading http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.0.3.tar.gz

Already downloaded: /Library/Caches/Homebrew/r-3.0.3.tar.gz

==> ./configure --prefix=/usr/local/Cellar/r/3.0.3 --with-aqua --with-libintl-prefix=/usr/local/Cellar/gettext/0.18.3.2 --enable-R-framework --with-lapack

checking for C libraries of clang...  -L/usr/local/lib -L/usr/local/opt/readline/lib -L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/libffi/lib -L/opt/X11/lib -lSystem /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../lib/clang/5.0/lib/darwin/libclang_rt.osx.a

checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none

checking for Fortran 77 name-mangling scheme... configure: error: in `/private/tmp/r-ceoU/R-3.0.3':

configure: error: cannot compile a simple Fortran program

See `config.log' for more details

READ THIS: https://github.com/Homebrew/homebrew/wiki/troubleshooting

If reporting this issue please do so at (not Homebrew/homebrew):

https://github.com/homebrew/homebrew-science/issues

These open issues may also help:

R 3.0.3: linking errors when installing R packages (https://github.com/Homebrew/homebrew/issues/27325)

Update frei0r.rb (https://github.com/Homebrew/homebrew/pull/27290)


config.logを見ろと書いてあるので見てみました。

~/Library/Logs/Homebrew/r/config.log にあると思います。

見方がいまいち分からなかったですが、ログというくらいなので下の方にあるエラーが原因で止まっているのだろうと考え、以下のエラーにたどり着きました。


dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/libisl.10.dylib


そして、再インストールしてみたら良いという記事をどこかで見たので試しました。

がしかし、また同じようなエラーが。

再度 config.log  を見て、原因らしきものをuninstall, install…(数回繰り返し…)

で、以下がログです(若干順番が前後してたりしますが)


1748  brew uninstall cloog
1749  brew install cloog

1752  brew uninstall isl
1753  brew install isl

1757  brew uninstall libmpc
1758  brew install libmpc

1762  brew uninstall mpfr
1763  brew install mpfr


全部入れなおしたら無事Rがインストール出来ました。

つ。。。疲れた。。。

 

※ config.logの上の方に以下のようなエラーも出ていましたが、そういうものらしく、STOPする原因ではないみたいです。


error: ac_nonexistent.h: No such file or directory